Что показывает пцр на коронавирус после болезни
Цепная реакция. Как работают тесты на коронавирус?
Как выглядят тесты на COVID-19, как они устроены, насколько точны и насколько доступны российским врачам? Об этом СПИД.ЦЕНТР поговорил с научной журналисткой, заместителем главного редактора портала PCR.news и профессиональным биологом Еленой Клещенко.
— Первый вопрос: а как вообще выглядит тест на коронавирус? Экспресс-тест на ВИЧ мы все видели: белая лопаточка с ручкой и пробирка с реагентом. Через 15 минут готов результат. Новый коронавирус тестируется по методу полимеразной цепной реакции (ПЦР). Насколько вообще его сложно производить?
— Выглядит тест на коронавирус как пробирки с прозрачными жидкостями в коробочке или пакетике, как-то так. Но чтобы провести саму реакцию и получить результат, нужно еще специальное оборудование.
Производить тест умеренно сложно, это высокие технологии, но очень хорошо отлаженные за много лет. Ограничения — как на любом производстве: реагенты и материалы, производственные мощности и должная культура производства — не надо объяснять, что будет, если чихнуть в пробирку, — плюс кадры. Каких объемов реально достигнуть — зависит от того, какие мощности будут задействованы: если, например, какие-то линии, которые сейчас производят ПЦР-тесты для других инфекционных заболеваний, волевым решением перебросить на SARS-CoV-2, производство возрастет.
— Почему сейчас тестируют коронавирус именно по методу ПЦР, а не иммуноферментного анализа, например, как ВИЧ? С ИФА диагностика была бы быстрее, дешевле? Или это вообще не имеет значения?
За подробностями лучше обратиться к специалистам в области молекулярной диагностики. Но, на мой взгляд, ПЦР с обратной транскрипцией, а именно он используется в случае с COVID-19, — хороший метод. Для ПЦР-тестов характерна высокая чувствительность. В их основе лежит амплификация нуклеиновой кислоты, то есть даже при малом количестве копий в образце можно получить хороший сигнал. Кроме того, для разработки таких тестов нужен, по большому счету, только геном вируса или часть генома.
— По факту ПЦР-тесты для COVID-19 появились почти сразу после того, как китайцы опубликовали расшифровку генома вируса. То есть для того, чтобы начать их разработку, не нужно было никаких образцов, хватило журнальной публикации и специалистов, способных быстро разработать технологию.
— Да. В том и прелесть ПЦР-теста, что для него достаточно генома вируса. Зимой, как только первый геном был опубликован, специалисты во всех странах начали заказывать синтез генетического материала nCoV-19. Зная нуклеотидную последовательность генома, в лаборатории можно получить участок этого генома и дальше экспериментировать уже с ним. В частности, проверить чувствительность и специфичность теста, используя вместо клинических образцов растворы ДНК.
В январе у ученых большинства стран вообще и не было другого выхода, настоящие пациенты имелись только в Китае. К такому методу могут быть претензии. Например, если чувствительность теста проверяется по растворам кДНК, не учитываются потери при обратной транскрипции. Тут разные другие тонкости. Но в целом ученые сработали очень оперативно.
КАК УСТРОЕН МЕТОД ПЦР?
ПЦР (полимеразная цепная реакция) — это метод тестирования, который способен находить генетический материал вируса непосредственно в крови пациента, слюне или любой другой жидкости, изобретенный в 1983 году американским биохимиком Кэрри Муллисом.
Он основан на многократном копировании (амплификации) определенных участков вирусной ДНК в лабораторных условиях. По факту, чтобы «засечь» вирус в организме, с помощью специального фермента, собирающего из нуклеотидов по образцу вирусной ДНК ее копию, ученые дублируют фрагменты генетического материала вируса, пока их число не станет настолько большим, что будет возможно зафиксировать его присутствие с помощью флуоресцентных меток.
Как это работает?
Сначала вирусную ДНК выделяют из материала, представленного в лабораторию, денатурируют: на этом этапе двухцепочечную ДНК-матрицу нагревают до 94—96 °C, чтобы цепи ДНК разошлись. Затем добавляют так называемые праймеры — начальные звенья цепочки, которые необходимы для старта синтеза новой копии, и так называемую полимеразу — тот самый фермент, который и будет заниматься репликацией ДНК.
Как правило, для лабораторной ПЦР используются ДНК-полимеразы из термофильных бактерий, поскольку в течение реакции смесь многократно охлаждают и нагревают. На следующем этапе в смесь из ДНК, полимеразы и праймеров добавляются нуклеотиды — то есть строительный материал для воспроизводства, после чего емкость с нею нагревается до 37°C, и процесс запускается.
На последующей стадии элонгации полимераза начинает синтез на каждой из двух цепочек разделенной ДНК недостающей пары. Происходит это по принципу комплементарности: фермент присоединяет напротив каждого нуклеотида, из которых состоят ДНК, противоположный. По завершении реакции цикл неоднократно повторяется (см. видео ниже).
В случае с вирусами, содержащими не «двойную» ДНК молекулу, а «одинарную» РНК (а это коронавирусы, или, например, ВИЧ), ученым приходится сначала провести обратную транскрипцию РНК с помощью фермента обратной транскриптазы, а уже потом производить амплификацию по той схеме, что была указана выше. Именно так, собственно, поступает и сам вирус, попадая в клетку, перед тем как встроить свою ДНК в человеческую и приступить к синтезу собственных белков, из которых состоит его «тело» (то есть не генетического материала, а самих вирусных частиц, при ПЦР же, наоборот, копируется генетический материал, а не новые частицы вируса).
Ингибиторы обратной транскриптазы — одни из самых распространенных видов лекарств от ВИЧ-инфекции. К ним относятся, например, зидовудин и ламивудин — самые первые препараты АРВТ, разработанные еще в 80-х.
Производится ПЦР на специальных приборах, амплификаторах, или так называемых термоциклерах (Thermal cycler).
Наглядно, как работает метод ПЦР, можно посмотреть на приведенном ниже видео.
— Что касается ИФА-тестов для коронавируса, их разработать так и не успели?
— Почему? Тесты на определение антител к антигенам SARS-CoV-2 в крови существуют. У теста на антитела свои преимущества. Но я бы сказала так: они с ПЦР-тестом дополняют друг друга. Тест на антитела лучше работает на поздних стадиях. Антитела в крови сохраняются и тогда, когда вирус исчезает из организма, то есть с помощью такого теста можно узнать, кто переболел COVID-19 в прошлом.
— Даже если у пациента не было выраженных симптомов и дело обошлось без госпитализации?
— А что за организации, кто в нашей стране занимается этими тестами? Роспотребнадзор?
— Роспотребнадзор — это очень обширная структура. Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» в нее входит, он и разработал тесты, которыми пользуются в лабораториях Роспотребнадзора. То есть производит тесты «Вектор», а проводят тестирование региональные центры Роспотребнадзора. Также на данный момент зарегистрирована тест-система от ФГБУ «Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» Минздрава России (ЦСП).
У каждого теста есть погрешность. При низкой заболеваемости ложноположительных результатов может быть намного больше, чем выявленных реальных пациентов, даже если тест вполне хороший.
О разработке своих тестов заявили и некоторые другие организации — Научно-исследовательский институт микробиологии Минобороны РФ совместно с компанией СИНТОЛ, НИЦ эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи Минздрава России (НИЦ им. Н. Ф. Гамалеи), компания «ДНК-технология». Производство собственных тест-систем планирует запустить Центр молекулярной диагностики CMD (ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора). И это хорошо, когда есть разные тест-системы, их можно сравнить, проверить результаты одной с помощью другой.
На первом заседании координационного совета по борьбе с коронавирусом вице-премьер РФ Татьяна Голикова сказала, что правительство ждет от регионов предложений о том, на базе каких еще лабораторий можно будет проводить эти исследования. Частные компании тоже смогут делать тесты на коронавирус на платной основе. Возможно, в самом скором времени будет новая информация о том, как все это будет происходить.
— На 15 марта появилась информация, что в России было произведено почти 110 тысяч тестов на коронавирус. Это много для наших масштабов или мало?
— По поводу возможности произвести достаточное количество тестов — тут много вопросов: производственные мощности, которыми мы располагаем, количество реагентов, которые понадобятся, наконец, лаборатории с необходимой техникой и обученным персоналом, где эти тесты проводить. Мало нам будет пользы и от миллиона тестов, если не хватит рук, чтобы эти тесты запускать. Все эти вопросы надо исследовать.
— Российских тестов несколько. В чем их принципиальные отличия? Почему государство выбрало именно те, что сделали в «Векторе»?
— Пока в России зарегистрировано три теста — два от «Вектора» и один от ЦСП. У тест-системы ЦСП чувствительность указана выше, есть внутренний контроль — РНК, которую добавляют в образец. Если эта РНК исчезнет в процессе, не даст сигнала, значит, что-то пошло не так. Это знак, что могла исчезнуть и вирусная РНК, а стало быть, отрицательный результат следует считать ложноотрицательным. Про остальные тест-системы поговорим, когда они получат регистрационные удостоверения.
Почему государство выбрало именно «Вектор» для выполнения этого задания, мне неизвестно. Наверное, могли бы выбрать и, например, ЦНИИ эпидемиологии того же Роспотребнадзора. «Вектор» знаменит тем, что в нем работают с опасными патогенами, а «уханьский коронавирус» на тот момент выглядел очень пугающе: и по смертности среди заболевших, и по инфекционности были прямо страшные оценки. Может быть, в этом причина, может быть, в чем-то другом, это надо узнавать у тех, кто принимал решение.
«Вероятность обнаружить вирус снижается». Когда нужно сдавать ПЦР-тест
В Роспотребнадзоре объяснили ложноотрицательные ПЦР-тесты при COVID-19
Ложноотрицательный результат теста на коронавирус может происходить из-за того, что инфицированный человек сдает анализ на поздних стадиях болезни. Такое мнение выразили в Роспотребнадзоре. Там подчеркнули, что вырастает шанс получить такой результат у больного COVID-19 после четвертого-пятого дня болезни.
При заражении COVID-19 у больного отсутствуют специфические признаки, которые характерны только для этой инфекции. Наиболее часто заразившийся сталкивается с респираторными симптомами, что может говорить не только о коронавирусе, но и ряде других заболеваний, включая грипп и ОРВИ.
По этой причине единственным способом диагностики коронавируса остается ПЦР-тестирование. Впрочем, в довольно большой доле случаев они оказываются недостоверными, о чем еще год назад говорили специалисты Минздрава, указывая на то, что 30-40% тестов дают ложноотрицательный результат. В частности, тогда считалось, что в большей части случаев на это влияют ошибки при заборе материала и качество самого теста.
Тем не менее существует и другое обоснование. По словам заместителя директора по клинико-аналитической работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора профессора Натальи Пшеничной, на результате анализа сказывается период заболевания, в который заболевший сдает ПЦР-тест. На ранних стадиях болезни получить положительный результат значительно выше.
«После четвертого-пятого дня болезни вероятность обнаружить вирус в носоглотке снижается, а респираторные симптомы могут быть в это время в самом разгаре. Если проводить тестирование в эти сроки, то можно получить отрицательный результат», — приводит слова специалиста РИА «Новости».
Общую картину по тестированию на COVID-19 также дополняет тот факт, что среди новых заболевших появляются и вакцинированные люди, но они при этом выделяют вирус в меньшем количестве и не такое продолжительное время, констатировала замдиректора Московского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Г. Н. Габричевского Татьяна Руженцова.
Однако сомнительный или ложный результат может давать любая тестовая система. Эксперты неоднократно выражали мнение, что ложные результаты на коронавирус связаны связаны как с ошибками медработников, так и пациентов. Иными словами, речь идет о несоблюдении правил и рекомендаций по тестированию.
Еще одну версию выдвигал директор Института медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний Сеченовского университета Александр Лукашев. Газете «Известия» он рассказывал, что COVID-19 — специфический вирус в том плане, что его можно не обнаружить в доступном биоматериале. Если другие коронавирусы размножаются в носоглотке и ротоглотке, где их можно легко найти, то SARS-CoV-2 у значительной части больных присутствует только в бронхах.
Согласно данным Всемирной организации здравоохранения, точность ПЦР-тестов на коронавирус, несмотря на их неоднозначную оценку, составляет 95%.
Вместе с этим в ВОЗ подчеркивают, что на результаты тестирования влияет очень много факторов. Это касается и процесса забора материала, и транспортировки, и хранения биоматериалов. Важно и то, правильно ли подготовлен пациент к сдаче анализа и проверена ли тест-система в конкретной лаборатории.
NAME] => URL исходной статьи [
Ссылка на публикацию: rambler.ru
Код вставки на сайт
«Вероятность обнаружить вирус снижается». Когда нужно сдавать ПЦР-тест
В Роспотребнадзоре объяснили ложноотрицательные ПЦР-тесты при COVID-19
Ложноотрицательный результат теста на коронавирус может происходить из-за того, что инфицированный человек сдает анализ на поздних стадиях болезни. Такое мнение выразили в Роспотребнадзоре. Там подчеркнули, что вырастает шанс получить такой результат у больного COVID-19 после четвертого-пятого дня болезни.
При заражении COVID-19 у больного отсутствуют специфические признаки, которые характерны только для этой инфекции. Наиболее часто заразившийся сталкивается с респираторными симптомами, что может говорить не только о коронавирусе, но и ряде других заболеваний, включая грипп и ОРВИ.
По этой причине единственным способом диагностики коронавируса остается ПЦР-тестирование. Впрочем, в довольно большой доле случаев они оказываются недостоверными, о чем еще год назад говорили специалисты Минздрава, указывая на то, что 30-40% тестов дают ложноотрицательный результат. В частности, тогда считалось, что в большей части случаев на это влияют ошибки при заборе материала и качество самого теста.
Тем не менее существует и другое обоснование. По словам заместителя директора по клинико-аналитической работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора профессора Натальи Пшеничной, на результате анализа сказывается период заболевания, в который заболевший сдает ПЦР-тест. На ранних стадиях болезни получить положительный результат значительно выше.
«После четвертого-пятого дня болезни вероятность обнаружить вирус в носоглотке снижается, а респираторные симптомы могут быть в это время в самом разгаре. Если проводить тестирование в эти сроки, то можно получить отрицательный результат», — приводит слова специалиста РИА «Новости».
Общую картину по тестированию на COVID-19 также дополняет тот факт, что среди новых заболевших появляются и вакцинированные люди, но они при этом выделяют вирус в меньшем количестве и не такое продолжительное время, констатировала замдиректора Московского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Г. Н. Габричевского Татьяна Руженцова.
Однако сомнительный или ложный результат может давать любая тестовая система. Эксперты неоднократно выражали мнение, что ложные результаты на коронавирус связаны связаны как с ошибками медработников, так и пациентов. Иными словами, речь идет о несоблюдении правил и рекомендаций по тестированию.
Еще одну версию выдвигал директор Института медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний Сеченовского университета Александр Лукашев. Газете «Известия» он рассказывал, что COVID-19 — специфический вирус в том плане, что его можно не обнаружить в доступном биоматериале. Если другие коронавирусы размножаются в носоглотке и ротоглотке, где их можно легко найти, то SARS-CoV-2 у значительной части больных присутствует только в бронхах.
Согласно данным Всемирной организации здравоохранения, точность ПЦР-тестов на коронавирус, несмотря на их неоднозначную оценку, составляет 95%.
Вместе с этим в ВОЗ подчеркивают, что на результаты тестирования влияет очень много факторов. Это касается и процесса забора материала, и транспортировки, и хранения биоматериалов. Важно и то, правильно ли подготовлен пациент к сдаче анализа и проверена ли тест-система в конкретной лаборатории.
Делать ли мне тест на коронавирус?
Избегать телесных контактов с людьми;
Носить защитные медицинские маски и перчатки в общественных местах;
Избегать места большого скопления людей.
Не контактировать с больными коронавирусом и с людьми приехавшими из-за границы в течение последних 14 дней;
При заражении вирусом обратиться за помощью к врачу, следовать прописанному лечению и соблюдать режим самоизоляции.
Что же делать, если у вас возникли подозрения на наличие коронавирусной инфекции? Стоит ли делать тест для профилактики? Какой тест показывает более точный результат? Зависит ли точность исследования от стадии заболевания? Какие тесты на выявление Covid 2019 вообще существуют? Все эти вопросы мы разберем в этой статье.
Делать ли мне тест на коронавирус?
Этот вопрос задавал себе каждый второй россиянин. Итак, что такое коронавирус, знают даже дети, а вот о том, в каких случаях необходимо сдавать тест на вирус, и когда это абсолютно не целесообразно, знает далеко не каждый. Обследование на наличие коронавирусной инфекции рекомендуется проходить шести группам населения:
людям с явными симптомами ОРВИ и хроническими заболеваниями;
пожилым людям старше 60 лет с признаками респираторных инфекций;
гражданам, побывавшим за границей в течение последних двух недель;
людям, контактировавшим с теми, у кого положительный тест на вирус, и с теми, кто был заграницей в течение последних двух недель;
пациентам с пневмонией.
Направление на обследование выдает лечащий врач. Если у вас нет никаких признаков инфекции, вы не были заграницей и не контактировали с заболевшими или побывавшими заграницей людьми, то прохождение обследования для вас будет нецелесообразным. Если же вы попадаете в одну из шести вышеперечисленных групп, то обязательно обратитесь к врачу. Он расскажет вам о дальнейших действиях и выдаст направление на тест.
Виды тестов на коронавирус:
В настоящее время два типа вирусных тестов одобрены: молекулярный тест (ПЦР) и тест на антиген (серологические тесты).
При проведении молекулярных тестов вирус выявляют с помощью полимерной цепной реакции (ПЦР). Молекулярные тесты проводятся путем взятия биологического материала из носогорловой полости.
При проведении тестов на антигены у пациента берется мазок из носогорловой полости или же кровь. Эти биологические материалы используются для обнаружения определенных вирусных белков. Эти тесты менее чувствительны и точны, чем молекулярные, так как нередко показывают ложно-положительные результаты.
Серологический тест
Этот вид анализа используется для выявления антител, которые выработала иммунная система при борьбе с вирусом. Благодаря серологическому тесту можно выяснить, болел ли пациент коронавирусом, и если болел, то сколько времени.
Определение различных классов антител в крови является информативным свидетельством текущего или перенесенного инфекционного процесса, помогает оценить стадию развития инфекции. Уровень антител и динамика ответа антител могут отличаться от человека к человеку. Это зависит от состояния иммунной системы человека, наличия сопутствующих заболеваний и других факторов. В частности, при COVID-19 иммуноглобулины начинают формироваться в среднем через 7-14 дней после контакта с вирусом. Важно понимать, что, поскольку антитела не начинают вырабатываться в первый день заражения, тест на иммуноглобулин может быть отрицательным, поскольку тест может падать в течение периода, когда организм еще не прошел время сформировать иммунный ответ.
Иммуноглобулины класса M против SARS-CoV-2 (IgM)
Иммуноглобулины класса G для SARS-CoV-2 (IgG)
IgG начинает обнаруживаться в крови примерно через 21-28 дней после заражения, и его уровень может оставаться высоким в течение длительного времени. На основании наличия и уровня антител IgG в крови можно оценить наличие инфекции в прошлом и определить наличие специфического иммунного ответа.
В зависимости от того, иммуноглобулин какого класса выявляется при том или ином виде исследования, эти методы тестирования имеют разную эффективность на разных стадиях заболевания.
Существуют следующие виды серологических тестов:
Быстрый диагностический метод.
Преимущество этого метода состоит в том, что получить результаты исследования можно в течение 15-20 минут после проведения теста. Он выявляет в крови пациента иммуноглобулины, которые начинает вырабатывать иммунитет сразу же после заражения вирусом. Плюс теста в скорости, минус – в недостаточной точности. Если тест положительный, то с вероятностью в 100 % пациент инфицирован. Но отрицательный тест может быть не действительным и не дает стопроцентной гарантии, что у пациента вируса нет. Этот вид исследования чаще всего рекомендуют проводить перед поездкой в другой регион страны или заграницу.
ИФА-тест
Иммуноферментный анализ позволяет увидеть ответную реакцию иммунной системы на вторжение инфекции. Этот вид исследования известен так же как тест ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay). Тест ELISA занимает больше времени, чем экспресс-тест, но имеет более высокую чувствительность, а это означает, что с большей вероятностью можно будет определить специфические иммуноглобулины в сыворотке крови.
все сотрудники медицинских организаций Департамента здравоохранения – еженедельно,
пациенты стационаров – в день госпитализации,
пациенты дневных стационаров и КТ-центров – при первом обращении,
пациенты поликлиник (по направлению врача).
ИХЛА-тест.
Иммунохемилюминесцентный тест – это лабораторное исследование крови. Этот вид исследования является аналогом ИФА. В диагностике коронавируса этот тест хорош тем, что, предположительно, позволяет определить количественный уровень содержания антител IgM или IgG к штамму SARS-CoV-2 коронавируса в клиническом образце (сыворотке, гепаринизированной или цитратной плазме) на автоматизированных анализаторах. Принцип реакции: двухстадийный сэндвич-метод. В реакционную систему входят субстрат, окислитель, фермент-катализатор.
все сотрудники медицинских организаций Департамента здравоохранения – еженедельно,
пациенты стационаров – в день госпитализации,
пациенты дневных стационаров и КТ-центров – при первом обращении,
пациенты поликлиник (по направлению врача).
Нейтрализационный иммуноанализ
Наличие антител в организме еще не значит, что у человека выработался иммунитет к вирусу. Это обусловлено тем, что не все антитела способны нейтрализовать вирус. Большинство серологических тестов дают информацию о качественном или количественном содержании антител к вирусу. Анализ «нейтрализации антител» определяет способность антител предотвратить вирусную репликацию. Этот анализ является «золотым стандартом» для выявления у людей «работающих» антител против коронавируса. Для проведения данного теста используется кровь пациента. Анализ проводится путем смешивания сыворотки с соответствующим вирусом и дальнейшим введением полученной смеси в культуру клеток. Проведение данного вида исследования весьма трудоемкое и занимает как минимум 5 суток. Этот анализ не рекомендуется в качестве обычной диагностической процедуры и используется в основном для научных целей.
Как подготовиться к исследованию на антитела?
Для сдачи теста на выявление антител не требуется какой-то специальной подготовки. Достаточно придерживаться общих правил при сдаче анализов:
· Сдавать анализ лучше с утра и натощак;
· Перед исследованием не употреблять табачные изделия.
ПЦР – метод
Согласно временным рекомендациям Минздрава России, тестирование ПЦР является обязательным и бесплатным для следующих категорий граждан:
1) прибывших из-за границы с признаками респираторных заболеваний;
2) контактировавшие с больными COVID-19;
3) пациенты с диагнозом внебольничная пневмония;
4) работники медицинских организаций (не реже одного раза в неделю);
5) Людям старше 65 лет с признаками респираторных заболеваний и еще некоторым категориям граждан.
Вы можете сдать анализы на ПЦР-исследование, если попадаете в одну из вышеперечисленных групп.
Преимущества ПЦР метода
У метода цепной реакции есть ряд преимуществ перед другими видами исследования:
Способность выявить наличие вируса на самых ранних стадиях;
О наличии вируса при бессимптомном течении болезни можно узнать только с помощью ПЦР-теста.
Доступность. ПЦР-тест можно сделать практически в любой лаборатории.
Как подготовиться к ПЦР-тестированию
Чтобы результаты исследования были максимально точными, необходимо придерживаться следующих рекомендаций.
Анализы лучше всего сдавать в утреннее время.
нельзя употреблять алкогольные напитки за сутки до проведения анализа. Это может привести к ошибочным результатам, т.к. спирт обладает эффектом дезинфекции.
за 4 часа до теста нельзя использовать антисептики для полости рта и рассасываемые таблетки.
за час до процедуры нельзя употреблять табачные изделия.
за 3 часа не полоскать рот, не чистить зубы, не курить;
за 2 часа не принимать пишу, не пить.
если исследование проводится грудному ребенку, не следует кормить его грудью за два часа до анализа.
Если Вы хотите пройти быстро, недорого и анонимно тестирование на COVID-19 в Москве обращайтесь в наши отделения: