Что показывает пцр при орви

Лабораторная диагностика гриппа и других ОРВИ методом полимеразной цепной реакции

Область применения

Настоящие клинические рекомендации устанавливают единые требования к выполнению лабораторной диагностики гриппа и других ОРВИ методом полимеразной цепной реакции для медицинских организаций Российской Федерации, имеющих лицензию по специальностям «Клиническая лабораторная диагностика», «Вирусология», «Бактериология», «Инфекционные болезни», «Педиатрия», «Пульмонология». Рекомендации одобренына II Российском конгрессе лабораторной медицины в городе Москве 14 октября 2016 года.

Уровень доказательности рекомендаций

Доказательной базой для рекомендаций явились публикации, вошедшие в базы данных Cochrane library, PubMed, EMBASE и MEDLINE, электронную библиотеку (www.e-library.ru). Глубина поиска составила 16 лет.

Клинические рекомендации созданы на основе согласованного мнения членов ассоциации специалистов и организаций лабораторной службы «Федерация лабораторной медицины», а также обобщения опыта авторов, специалистов обществ пульмонологов России (Российское Респираторное Общество) и стран Европы (Европейское Респираторное Общество) и апробированных рекомендаций, действующих в настоящее время в Великобритании [Harris M; Lim WS] США [Bartlett JG; Mandell LA], Швеции [Regamey N].

Оценка уровня доказательности и значимости рекомендаций производилась в соответствии с данными, изложенными ниже.

Оценка уровня доказательности

Убедительные доказательства эффективности и существенной клинической пользы

Качество доказательности рекомендации

Уровни доказательности рекомендаций приводятся при изложении текста ниже.

Общие положения и область применения

В методических рекомендациях представленысовременныесведения о возбудителях ОРВИ, включая эпидемиологические данные о новых видахвирусов, описанных в последнее десятилетие. Представленобщий методический подход и подробный порядокпроведения лабораторного исследования методом ПЦРс целью обнаружения НК гриппа и других значимых возбудителей ОРВИ. Особое внимание уделено описанию перечня биологического материалаи правил его получения, упаковки, транспортирования и хранения биологическогоматериала от больных (умерших).

Клинические рекомендации предназначены для специалистов лабораторий, выполняющих работы c использованием методов амплификации НК при исследовании материала, содержащего (подозрительного на содержание) микроорганизмы I-IV групп патогенности (опасности), аккредитованных в установленном порядке и имеющих лицензии на данный вид деятельности в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Введение

Заболеваемость острыми инфекциями верхних дыхательных путей (ОРВИ) множественной или неуточненной локализации и гриппом в России по данным официальной статистики (форма 1) в совокупности составляет 19-20 тыс. на 100 тыс. населения ежегодно, превышая в десятки раз аналогичные показатели для других инфекционных болезней, и составляет 90% всех регистрируемых случаев инфекционных и паразитарных болезней. Дети дошкольного возраста подвержены острым респираторным заболеваниям (ОРЗ), в среднем, 4-8 раз в год, школьники от 2 до 6 раз в год, взрослые 2-3 раза в год. В контингентах часто болеющих детей эпизоды ОРЗ регистрируются от 10 до 12 раз в год.

Вирусы гриппа А (Influenzavirus A), широко распространены в природе, их выделяют от большинства зверей и птиц, и по этой причине, они имеют высокий пандемический потенциал, так как способны преодолевать межвидовые барьеры. Способность вирусов гриппа А к быстрому накоплению мутаций, изменяющих их антигенные свойства, лежит в основе их высокого эпидемического потенциала. Вирусы гриппа А в настоящее время дифференцируют (типируют) с помощью генетических методов на подтипы (или субтипы) в соответствии с генетической структурой генов гемагглютинина (HА) на 16 субтипов и нейраминидазы (NА) на 9 субтипов. В 2013г.при скрининге у летучих мышей в Центральной Америке и Перу 2013г.были обнаружены новые субтипы 11 вирусов гриппа, обозначенные как H17N10 и H18N11. Значительную обеспокоенность вызывает циркуляция в природе патогенных для человека вирусов гриппа птиц. Регистрируются крупные эпизоотии,вызванные вирусами гриппа субтипов H7 и H9, сопровождаемые заболеванием людей (Гонконг –H9N2, 1998-1999 гг., Нидерланды-H7N7, 2003г.), в ряде случаев с летальным исходом. С 2005 г. эпизоотии гриппа H5N1, повлекли за собой заболевания людей в десятке стран мира с летальностью 60%. В июне 2013г. ВОЗ сообщила о 132 лабораторно-подтвержденных случаях инфекции, вызванной вирусом гриппа A/H7N9, включая 37 случаев, закончившихся летально. Таким образом, на настоящее время актуален мониторинг вирусов гриппа, имеющих в геноме сегмент, кодирующий НА субтипов H5, H7 и H9.

Вирусы гриппа В до сих пор выделяли только от людей. Наряду с гриппом А, они занимают значительную долю в структуре летальности при гриппе у детей. Так, в США в сезоне 2010-2011гг.вирус гриппа В стал причиной 38% случаев смерти детей, заняв в структуре циркулирующих вирусов гриппа 26% [CDC. MMWR., 2011].

У людей вирусы гриппа С вызывают спорадические ОРЗ. Среди животных вирусы гриппа С выделяют от свиней, при экспериментальном заражении заболеванию подвержены собаки. Вирусы гриппа А, В и С дифференцируют друг от друга с помощью иммунологических и МАНК.

Помимо гриппа, причиной ОРЗ являются парамиксовирусы: респираторно-синцитиальный вирус (HumanRespiratorysyncytialvirus), метапневмовирус человека (HumanMetapneumovirus), 4 вида (1-4) вирусов парагриппа (Human Parainfluenza virus1-4), коронавирусы (Human Coronavirus 229E, Human CoronavirusOC43, Human CoronavirusNL63, Human CoronavirusHKUI), риновирусы (Rhinovirus) виды А, В, С, относящиеся к пикорнавирусам, аденовирусы (Human mastadenovirus) виды B, C, E, бокавирус человека (Human bocavirus), относящийся к парвовирусам. Все вышеперечисленные вирусы вызывают ОРЗ среди всех возрастных групп, за исключением бокавируса человека, инфицирующего только детей. У лиц со сниженной активностью иммунной системы, причиной ОРЗ могут быть также энтеровирусы, вирусы герпеса, цитомегаловирус. Дифференциальная диагностика гриппа и других ОРВИ возможна только с помощью лабораторных методов исследования.

Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv, РС-вирус) является основным возбудителем бронхиолитов и пневмоний у младенцев и детей младшего возраста во всем мире [Nair H; Stockman LJ]. Частота hRSv у больных внебольничной пневмонии детей колеблется от 15,7% до 31,8% в зависимости от региона эпидемического сезона и возраста и максимальна у госпитализированных детей первого года жизни [Rohde GGU; Harris M]. В группу риска тяжелого течения PC-инфекциивходят недоношенные младенцы, дети до 2-х лет, дети и взрослые с ослабленной вследствие заболеваний или лечения иммунной системой, пожилые люди (старше 65 лет). В годы эпидемической активности hRSv составляет 44% в этиологической структуре острых бронхитов у госпитализированных детей [Яцышина С.Б., 2008].

Клинико-эпидемиологические исследования инфекции, вызванной метапневмовирусом (hMPv), впервые обнаруженным в 2001г., демонстрируют сходство клинической картины с RSv-инфекцией. Исследования специфических антител к вирусу в разных популяциях свидетельствуют о широкой распространенности hMPv, практически все дети имеют такие АТ к 5 годам жизни. MPv-инфекция составляет от 5 до 25% случаев госпитализаций с острой инфекцией нижних дыхательных путей детей младшего возраста [Edwards KM]. Основными диагнозами hMPv-инфекции у детей являются бронхиолиты, пневмония и бронхиальная астма. У детей при пневмонии метапневмовирус обнаруживают в 8-14,5% случаев [Williams JV, 2010; Rohde GGU]. hMPv, как и hRSv, могут служить причиной групповых заболеваний в домах малютки и домах престарелых, вызывая заболевания нижних дыхательных путей (до 79%) и приводя к летальным исходам (до 11%) [CDC. MMWR. 2013].

Вирусы парагриппа (hPiv) разделяют на 4 вида, относящиеся к двум родам: респировирусы (парагрипп 1 и 3) и рубулавирусы (парагрипп 2 и 4). Вирусы парагриппа часто обнаруживаются у детей младшего возраста. Ко второму году жизни каждый ребенок хотя бы один раз переболевает ОРЗ, вызванным вирусами парагриппа. hPiv 2 и 4 чаще обнаруживают у детей первого года жизни по сравнению с другими возрастными группами, где превалируют вирусы парагриппа 1 и 3. Доля hPiv в этиологической структуре ОРЗ составляет от 9 до 30%. При этом, в этиологической структуре крупов у детей первых лет жизни вирусы парагриппа 1 –4 занимают до 20%. Среди детей с заболеваниями нижних дыхательных путей, госпитализированных в стационары, инфицированные hPiv,составляют около 22% [Weinberg GA]. Все это ставит вирусы парагриппа на второе место среди возбудителей ОРВИ по частоте госпитализации и тяжести заболевания после респираторно-синцитиального вируса.

Среди аденовирусов (hAdv) выделяют 7 видов: A, B, C, D, E, F, G. В зависимости от вида,аденовирусы вызывают различные инфекционные заболевания: конъюнктивиты и кератоконъюнктивиты (A, D), острые диарейные заболевания (F), гастроэнтериты (G), крупы, гриппоподобные заболевания, бронхиты и пневмонии – B, C, E. Известны случаи бессимптомного носительства hAdv в лимфоидной ткани верхних дыхательных путей на протяжении нескольких месяцев и лет, которые могут быть источником возбудителя. Будучи относительно устойчивыми к химическим и физическим воздействиям, hAdv могут длительное время сохранять стабильность в окружающей среде, и по этой причине,часто вызывают вспышки в детских дошкольных учреждения, домах ребенка, домах престарелых, и прежде всего, в воинских частях, где частота выявления hAdv достоверно превышает таковую у взрослых штатских и детей [Львов Н.И.]. При этом заболевание может протекать со случаями пневмонии тяжелого течения, и даже заканчиваться летальным исходом [Яцышина С.Б., 2014].

Коронавирусы (hCov) представляют собой большую разнообразную группу вирусов, которая классифицируется как альфа, бета и гамма коронавирусы. Различные виды коронавирусов широко распространены в природе, вызывая различную инфекционную патологию у животных: гастроэнтериты и респираторные инфекции у свиней, инфекционный бронхит кур, энтериты у собак, инфекционный перитонит у кошек. Как показали исследования последних двух лет, летучие мыши инфицированы разнообразными альфа-и бета-коронавирусами. У человека острую респираторную инфекцию вызывают 4 вида коронавирусов: 229E, OC43, NL63, HKUI, чаще протекающую с поражением верхних дыхательных путей легкой или средней тяжести [Bradburne AF], и в редких случаях – с инфекциями нижних дыхательных путей [Woo PC]. Коронавирусы обнаруживаются преимущественно у детей младшего возраста с симптоматикой крупа иларингита [vander HoekL]. У детей старшего возраста и у взрослых при коронавирусной инфекции может отмечаться гриппо-подобная симптоматика, а также кашель и ринорея.

В настоящее время семейство коронавирусов включает 2 вида вирусов, вызывающих тяжелую респираторную инфекцию у людей: SARS-Cov (Severe acute respiratory syndrome coronavirus, или ТОРС-коронавирус, вызывающий тяжелый острый респираторный синдром) и MERS-Cov (Middle East respiratory syndrome coronavirus, или БВРС-коронавирус, вызывающий Ближневосточный респираторный синдром). Коронавирус ТОРС вызвал эпидемию в 2003 году в 33 странах мира (наибольшее количество заболевших было зарегистрировано в Китае, Сингапуре и Канаде), с общим числом заболевших 7761 человек, у 623 из них заболевание закончилось летальным исходом [Memish ZA]. Вирус SARS-Cov легко передается от человека к человеку. С сентября 2012 г. на Ближнем Востоке регистрируются случаи новой инфекции, вызванные коронавирусом MERS-Cov, летальность по данным ВОЗ составляет порядка 43%. Предполагают, что инфицирование людей происходит при контакте с верблюдами или с контаминированными вирусом объектами окружающей среды в домашнем хозяйстве или при посещении животноводческих ферм. Подтверждена возможность передачи MERS-Covот человека к человеку при близком и длительном контакте, что может провоцировать вспышки внутрибольничной инфекции в человеческой популяции [Assiri AD]. Природным резервуаром обоих вирусов являются летучие мыши.

Самым распространенным возбудителем ОРВИ среди взрослого населения и детей всех возрастных групп являются риновирусы (hRv), вызывающие воспаление слизистой верхних дыхательных путей с ринореей и кашлем; в качестве осложнения нередко развивается трахеит. Среди Rv в настоящее время выделяют 3 вида вирусов: А, В, C. Принимая во внимание тот факт, что риновирусы достаточно часто обнаруживают у детей при пневмонии [Kieninger E; Яцышина С.Б., 2016], и экспериментально доказана возможность репликации риновирусов в ткани легких млекопитающих [Schroth MK], нельзя недооценивать данный возбудитель как причину поражения нижних дыхательных путей у детей.

Бокавирус (hBov), впервые описанный в 2005 г., обнаруживается со среднегодовой частотой 1,5-19% как единственный возбудитель острой инфекции дыхательных путей у детей до 5 лет [Кондратьева Т.Ю.], вызывая лихорадку, кашель, риниты и диарею [Вартанян Р.В.]. Помимо этого, бокавирус часто обнаруживается в сочетании с другими возбудителями ОРЗ. При пневмонии у детей бокавирусы обнаруживаются в 4-15% случаев [Honkinen M; Esposito S; Яцышина С.Б., 2016]. У взрослых, находящихся в тесном контакте с больными детьми, бокавирус может вызывать легкие симптомы ОРЗ [Кондратьева Т.Ю.], в редких случаях вирус обнаруживается при пневмонии на фоне иммунодефицита.

Наиболее тяжело протекают острые инфекции дыхательных путей, вызванные респираторно-синцитиальным вирусом, метапневмовирусом, вирусами парагриппа и коронавирусами, у детей в возрасте до 5 лет, пожилых и у лиц с иммунодефицитом. Современные данные свидетельствуют, что случаи инфекций нижних дыхательных путей вирусной этиологиине следует рассматривать как единичные или очень редкие. Вирусные возбудители инфекций дыхательных путей обнаруживаются у 10% пациентов ВП, нуждающихся в интенсивной терапии [Harris M].

Внедрение в клиники методов ранней этиологической лабораторной диагностики вирусных инфекций позволит клиницистам своевременно применять средства специфической противовирусной терапии, разрабатывать эффективную тактику ведения пациентовс инфекцией определенной этиологии, и тем самым, предотвращать осложнения и летальные исходы.

2. Клинические формы инфекций

2.1. Профили клинико-статистических групп заболеваний

Источник

Что показывает пцр при орви

ПЦР (полимеразная цепная реакция) — это вид теста на инфекционные заболевания, который определяет, находится ли в данный момент вирус в организме. Для сравнения, ИФА — определяет, есть ли в организме антитела к данному возбудителю. Для определения заражения вирусом COVID-19 ПЦР — самый предпочтительный вариант теста.

Почему ПЦР-тестирование — лучший метод для COVID-19

Так как метод реагирует именно на РНК вируса, он покажет положительный результат в самом начале заболевания, когда антитела ещё не сформировались. И наоборот, он не будет давать положительный результат сразу после болезни, когда антител в крови полно, а самого вируса уже нет. Следовательно, ПЦР наиболее подходит для определения, болеет ли человек COVID-19 в данный момент и является ли он заразным для окружающих.

Этапы ПЦР

Проверяемое вещество (слизь, слюна и др.) помещают в пробирку и подготавливают к циклическому нагреву. Реакция ПЦР проходит в три этапа, которые поочерёдно повторяются 30 или 40 раз. Автомат быстро нагревает и охлаждает пробирки, выдерживая их в заданном состоянии нужное количество времени. Для каждого этапа нужна своя особая температура.

Как проходит процедура?

Для ПЦР теста на COVID-19 используется образец слизи из носа или горла или слюна. Лучше всего брать длинный мазок со слизистой носа. Медицинский работник забирает материал из носа пациента с помощью гибкой палочки с ватным тампоном. Если мазок берется из горла, то могут быть неприятные рвотные позывы. Тампон на несколько секунд оставляют на слизистой, потом поворачивают и с небольшим нажимом извлекают. После этого его герметично упаковывают в пробирку для отправки на анализ.

Почему возможен ложный результат?

Чаще всего причинами ложных результатов исследования оказываются случайные загрязнения во время забора материала. Также возможно попадание посторонних примесей в реагенты или перекрёстная реакция с другими вирусами.

Как подготовиться к взятию мазка

За 4 часа до забора материала пациент не должен есть, жевать жвачку, пить что-то, кроме воды, чистить зубы и полоскать рот гигиеническими ополаскивателями. Пациенты боятся, что врач увидит нечищенные зубы, естественно, в этом мало приятного, поэтому почистить их нужно за 4 часа до исследования, но не позже.

Источник

Врач объяснил, когда при простуде нужно делать ПЦР-тест

На раннем этапе коронавирус легко спутать с обычной простудой. Даже незначительные симптомы — кашель, насморк, небольшая температура — могут быть его признаками. Терапевт Александр Лаврищев рассказал «Парламентской газете», в каких случаях человека с симптомами ОРВИ проверяют на коронавирус.

При признаках ОРВИ нужно остаться дома и соблюдать режим самоизоляции. Согласно разработанным Минздравом правилам, врача на дом необходимо вызвать, если повысилась температура, беспокоят кашель, заложенность носа, затрудненное дыхание, одышка, боли в груди, слабость, головная боль, потеря обоняния.

Кроме того, врач обязательно должен прийти на вызов, если возраст заболевшего старше 65 лет или у него есть сопутствующие хронические заболевания, которые повышают риск тяжелых осложнений COVID-19. Прежде всего, это сахарный диабет, сердечно-сосудистые заболевания, хронические болезни почек, органов дыхания, онкология. Обо всех этих обстоятельствах необходимо сообщить при вызове медработника. По принятым нормативам врач должен прийти в течение 24 часов.

Как рассказал «Парламентской газете» терапевт Александр Лаврищев, всем пациентам с любыми признаками ОРВИ сейчас делают ПЦР и экспресс-тест на коронавирус.

Экспресс-тест на коронавирус не заменяет ПЦР, уточнил Александр Лаврищев. Он необходим с одной стороны для того, чтобы быстро определить, нужно ли срочно вести больного на КТ или можно дождаться ПЦР. К тому же экспресс-тест позволяет при положительном результате сразу обследовать родных пациента, живущих с ним в одной квартире.

По постановлению Роспотребнадзора срок выполнения ПЦР-теста не должен превышать 24 часов. Отсчет начинается с момента, когда биоматериал поступает в лабораторию.

«Кроме того, если есть показания — высокая температура, боль в горле, — врач дополнительно может сделать экспресс-тест на грипп, — добавил специалист. — Это связано с тем, что от гриппа есть специфическое лечение, которое помогает только от него одного».

Источник

ПЦР-диагностика

Полимеразно-цепная реакция (ПЦР) – это одно из самых ярких достижений в сфере молекулярной биологии. Метод получил широчайшее распространение в разных областях науки. Благодаря очень высокой специфичности и чувствительности, метод ПЦР применяется в медицине, биологии, ветеринарии, криминалистике, санитарной службе и других отраслях деятельности человека.
Для анализа методом ПЦР можно использовать любые биологические материалы, которые содержат нуклеиновые кислоты (молекулу ДНК или РНК).

Принцип ПЦР- исследования

Кому мы обязаны появлением метода ПЦР?

Со слов американского биохимика Керри Мюллиса (Kary Mullis), идея идентифицировать живые организмы по короткому участку их генетического кода (ДНК) пришла ему в голову в 1983 году, по пути с работы домой. А в основе этой идеи, лежала работа другого американского биохимика, Артура Корнберга (Arthur Kornberg), которая в свое время не нашла отклика у научного сообщества.

Керри допустил возможность того, чтобы взять молекулу ДНК какого-либо организма, с помощью высокой температуры «распустить» ее спираль на две нити, специфическими маркерами-праймеры пометить уникальные для этого микроорганизма участки ДНК и затем, применив фермент ДНК-полимеразу, создать из двух нитей две новые молекулы ДНК. Но уже содержащие в себе меченные праймеры. И потом останется просто искать эти участки в диагностическом материале.

В итоге, корпорация CETUS, в которой работал Мюлис, выделила ему команду ученых. И в 1985 году, в издании Американского общества генетики человека, появилась публикация с теоретическим обоснованием ПЦР, как метода идентификации генетического материала живых организмов.

Как это все происходит в лаборатории

Выделение ДНК

Элонгация

Или синтез. После завершения процесса отжига, в реакционной смеси создают условия для активности полимеразы. Фермент, ориентируясь на молекулы праймеров (а не исходных нуклеиновых кислот), начинает синтез новых ниток ДНК/РНК. Которые становятся копиями исходных, искомых молекул нуклеиновых кислот.
Такой температурный цикл проводится 30 и более раз. В результате, даже при изначально небольшом количестве искомого генетического материала, в реакционной смеси накапливается значительное число «помеченных» праймерами нуклеиновых кислот (растет экспоненциально, с удвоением при каждом цикле).Обнаружить большие количества ДНК/РНК намного проще, за счет чего реализуется еще одно преимущество ПЦР – высочайшая чувствительность.

Детекция

Оценка результатов ПЦР проводится несколькими путями:

Преимущества методики ПЦР

Всего разработано более 10 разных методик амплификации, применяемых лабораториями в зависимости от исходных условий и поставленных целей.
Общим для них есть высокая чувствительность (для положительного результата достаточно 40 (!) или менее искомых копий ДНК в 1 мл образца, то есть вероятность ложноотрицательного ответа ничтожно мала. И очень высокая специфичность: вероятность ложноположительного ответа составляет менее 1%.
Но точность результатов сильно зависит от качества сбора диагностического материала, тщательного соблюдения всех технических требований к каждому этапу и качеству оборудования, расходных материалов (буфера, праймеров, раствора для отмывки и т.д.).

Области применения в медицине

В дерматовенерологии ПЦР используют для выявления венерических заболеваний: микоплазменной, хламидийной инфекций, сифилиса, генитального герпеса и др.
Инфекционисты активно используют ПЦР для диагностики туберкулеза, ВИЧ, вирусных гепатитов, герпеса, мононуклеоза, вируса Эпштейн-Барр и др.). А с помощью ПЦР в реальном времени, оценивая вирусную нагрузку, врачи могут составить мнение о динамике заболевания, отклике на лечение, что особенно актуально для пациентов с ВИЧ, принимающих терапию.
Также благодаря ПЦР врачи могут в течение нескольких дней с уверенностью идентифицировать коклюш и паракоклюш, выявить возбудителей эпидемии ОРВИ. Уточняются типы вируса гриппа, циркулирующие на определенной территории, на основании чего появляется возможность разработать эффективную вакцину для каждого сезона гриппа.
В течение суток или быстрее можно установить вид возбудителя кишечной инфекции, а значит – назначить адекватное лечение и обнаружить вероятный источник заражения.
Летом, ПЦР актуальна для диагностики заболеваний, передаваемых иксодовыми клещами: боррелиоза (болезни Лайма), клещевых энцефалитов.
Метод позволяет работать с любым биологическим материалом. Гемотрансмиссивные инфекции (сифилис, ВИЧ, гепатиты, боррелиоз) исследуются по пробе венозной крови или спинномозговой жидкости. Кожные болезни (герпес, грибки) – по соскобу с пораженного участка. Венерические и урологические – по образцу мочи, спермы, влагалищного отделяемого.
Так что в медицине, ПЦР применяется везде, где нужна высокая точность и быстрота получения результатов.

Лабораторные исследования, выполняющиеся методом ПЦР:

Источник